Nesposobnost magnetske pumpe za proizvodnju tekućine najčešći je kvar pumpe, a za to postoji mnogo razloga. Prvo provjerite ima li curenja u usisnom cjevovodu crpke, je li zrak unutar usisnog cjevovoda ispušten, je li količina tekućine napunjene u magnetsku pumpu dovoljna, ima li nečistoća koje blokiraju usisni cjevovod i je li pumpa obrnuta. Također obratite pozornost na to je li usisna visina pumpe previsoka. Ako gornji pregled i dalje ne može riješiti problem, pumpa se može rastaviti radi pregleda da se vidi je li osovina pumpe slomljena. Također treba provjeriti cjelovitost dinamičkih i statičkih prstenova crpke, a cijeli rotor trebao bi se moći lagano pomicati aksijalno. Ako je aksijalno pomicanje teško, provjerite je li karbonski ležaj pretijesno spojen s osovinom pumpe.
Materijal koji se koristi za osovinu magnetske pumpe je 99% aluminijeve keramike. Glavni razlog loma osovine pumpe je uvijanje i lomljenje osovine zbog suhog trošenja ležajeva tijekom rada pumpe u praznom hodu. Prilikom rastavljanja pumpe radi pregleda može se vidjeti da su ležajevi jako istrošeni. Glavni način da spriječite kvar crpke je izbjegavanje praznog hoda crpke.
Materijal korišten za ležajeve magnetske pumpe je ugljik visoke gustoće. Ako pumpa ostane bez vode ili ima nečistoća unutar pumpe, to će uzrokovati oštećenje ležajeva. Ako se ne može zajamčiti zahtjev koaksijalnosti između unutarnjeg i vanjskog magnetskog rotora cilindrične spojke, to će izravno utjecati na životni vijek ležaja.
Razlozi za ovu neispravnost uzrokovanu nedovoljnom visinom uključuju: zrak u transportnom mediju, oštećeni rotor, nedovoljnu brzinu vrtnje, preveliku specifičnu težinu transportirane tekućine i preveliki protok. Glavni razlozi nedovoljnog protoka su: oštećenje impelera, nedovoljna brzina, visoka visina i začepljenje krhotina unutar cijevi.
Snaga koju prenosi magnetski čelik kontinuirano opada s porastom temperature. Općenito, smanjenje njegovog prijenosnog kapaciteta je reverzibilno ispod radne granične temperature magnetskog čelika, dok je nepovratno iznad granične temperature. Odnosno, nakon što se magnetski čelik ohladi, izgubljeni prijenosni kapacitet više se ne može vratiti. U posebnim okolnostima, kada magnetska spojka sklizne, toplina vrtložne struje u razmaknici će se naglo povećati, a temperatura će naglo porasti. Ako se ne postupa na vrijeme, uzrokovat će demagnetizaciju magnetskog čelika, što će dovesti do kvara magnetske spojke. Stoga bi za magnetske pumpe trebao biti projektiran pouzdan sustav hlađenja.
Za medije koje nije lako ispariti, rashladni cirkulacijski sustav općenito odvodi protok tekućine iz izlaza impelera ili izlaza pumpe i vraća se u usisni otvor kroz ležaj i dio za magnetski prijenos. Za medije koji se lako isparavaju, potrebno je dodati izmjenjivače topline ili protok tekućine treba usmjeriti u spremnik izvan pumpe kako bi se izbjeglo vraćanje topline na usisni otvor. Za medije s krutim ili feromagnetskim nečistoćama treba razmotriti filtraciju, a za medije s visokom temperaturom treba razmotriti hlađenje, kako bi se osiguralo da magnetska spojka ne prijeđe radnu graničnu temperaturu.